Raki est un jeune garçon qui a vu récemment mourir ses parents des mains d’un Yoma. Ces êtres démoniaques se font passer comme les prédateurs des humains. En raison de leurs capacités à prendre l’apparence de n’importe quel humain ainsi que leur mémoire et leur comportement, il est impossible pour une personne normale de les distinguer. Le seul moyen connu pour éradiquer la menace des Yomas est de demander l’aide d’un mystérieux groupe : les Claymores. Ceux qui le constituent sont toutes des femmes mi humain mi Yoma vivant en marge de la société car craintes des humains en raison de leur origine et de leur apparence. En effet, un des détails qui les caractérise sont leurs yeux argentés qui changent de couleur lorsqu’elles combattent un Yoma.

Afin d’éliminer le Yoma qui se trouve dans le village de Raki, le chef de celui-ci fait alors appel à cette organisation. C’est ainsi que le jeune orphelin fera la connaissance de Claire, une Claymore qu’il suivra dans ses missions ce qui lui permettra de voir si les Claymores sont aussi inhumaines qu'on le prétend.

Kei Kusanagi n'est pas un lycéen de 15 ans typique. Il a en fait 18 ans et est atteint d'une maladie rare qui le met en, ce qu'il appelle "arrêt".

Plus jeune, cette maladie l'avait laissé dans un coma profond qui arrêta sa croissance pour les 3 prochaines années! Mizuho Kazami n'est pas le prof ordinaire non plus. Elle est en réalité une extra-terrestre envoyée par la fédération de la galaxie pour observer la Terre!

Afin de préserver ce secret, Kazami et Kei se marrient. Les devoirs, les sorties, et une femme superbe - aller à l'ecole n'a jamais été aussi chouette.